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En el año 2631, un meteorito cayó en el archipiélago Galuga, cerca de Nueva Zelanda, trayendo una forma de vida alienígena inactiva. Dos años más tarde, en 2633, una organización terrorista de origen alienígena llamada Blood Falcon (halcón sangriento) asume el mando de la isla como parte de sus planes de invadir la Tierra. Los soldados Bill Rizer y Lance Bean, de la unidad Contra, son enviados a la isla oceánica para detener la maléfica amenaza.
En la versión estadounidense de NES, la localización del juego cambió algunos aspectos, cambiando la acción desde Nueva Zelanda a una isla en América del Sur. La llegada del meteorito ocurre en los años cincuenta, y la invasión comienza treinta años después (que seis meses de vida en tiempo de la forma de vida alienígena). La organización alienígena fue renombrada Red Falcon (halcón rojo), debido a las políticas de Nintendo de referentes a temas de violencia. Finalmente, los nombres de los comandos fueron cambiados a Mad Dog (perro loco) y Scorpion (‘escorpión’).
