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La historia tiene lugar en diciembre del 2634 d.C, un año después de los acontecimientos del Contra original. Una inquietante señal de socorro del General Hal es recibida, él se encontraba en su camino a Sudamérica en preparación de las 7mas maniobras militares del Ejército GX, reportando que el Ejército GX de repente se han rebelado. La rama superior de las fuerzas de la Federación suscitan a Bill y Lance para investigar la situación. Ellos llegan a las ruinas de la base, sólo para ser atacados por tropas del Ejército de la GX. Al darse cuenta del color de su piel decolorada de azul y sus ojos rojizos, Bill y Lance contraatacan el fuego enemigo y luego descubren criaturas de aspecto familiar alojadas dentro de sus cuerpos. Las criaturas alienígenas que lucharon en Galuga de alguna manera han sobrevivido y mutado en sus formas. La situación se vuelve más sombría en el hecho de que no sólo Bill y Lance están matando a sus antiguos compañeros de armas, si no por una nueva forma evolutiva de los Aliens invasores.
Como en el Contra original, la localización de América del Norte de la versión de NES fue cambiada de un escenario futurista del juego a un contemporáneo, aunque la premisa de Bill y Lance de luchar contra sus antiguos compañeros de armas se mantuvo más o menos igual.
